Todos os anos, o Colégio São José oferece, de acordo com a legislação vigente, bolsas de estudo integral (100% da anuidade) e parcial (50% da anuidade) para famílias residentes em Itajaí. A bolsa integral é ofertada às famílias que comprovem renda familiar per capita que não ultrapasse 1,5 salários mínimos. A bolsa parcial é ofertada às famílias cuja renda familiar per capita esteja entre 1,5 e 3 salários mínimos.
Em 2018, serão ofertadas 224 bolsas para o Ensino Fundamental (1º ao 9ª ano) e 40 bolsas para o Ensino Médio (1ª a 3ª série). O Colégio São José manterá também um cadastro de reservas de vagas, composto pelos candidatos que tiveram seus processos deferidos para bolsas de estudo do ano letivo de 2018 e que não foram contemplados com as vagas inicialmente informadas no edital.
A inscrição no processo seletivo é realizada mediante a entrega do formulário de inscrição e da documentação exigida no edital. O formulário de inscrição deve ser retirado na Tesouraria do Colégio São José entre os dias 24 e 31 de agosto. A entrega da documentação acontece entre os dias 1º e 12 de setembro para os alunos que pleiteiam a renovação da bolsa e entre 18 e 22 de setembro para aqueles que não foram contemplados em 2017.